杀菌剂又称杀生剂、杀菌灭藻剂、杀微生物剂等，通常是指能有效地控制或杀死水系统中的微生物——细菌、真菌和藻类的化学制剂。

无机杀菌剂：硫酸铜、升汞、石灰波尔多液、氢氧化铜、硫磺粉、石硫合剂、氧化亚铜等。

有机硫杀菌剂：福美锌、代森锌、代森锰锌、代森铵、敌锈钠、福美双等。

有机磷、砷杀菌剂：乙磷铝、甲基立枯磷、稻瘟净、克瘟散、退菌特、稻脚青等。

取代苯类杀菌剂：百菌清、敌克松、甲基托布津、五氯硝基苯等。

唑类杀菌剂：粉锈宁、多菌灵、恶霉灵、苯菌灵、噻菌灵等。

抗菌素类杀菌剂：春雷霉素、农用链霉素、井冈霉素、多抗霉素、抗霉菌素120等。

复配杀菌剂：灭病威、双效灵、炭疽福美、杀毒矾M8、甲基硫菌灵·锰锌、广灭菌乳粉、甲霜铜、DT杀菌剂等

其他杀菌剂：甲霜灵、菌核利、特富灵、敌菌灵、瑞枯霉、腐霉利、扑海因、灭菌丹、克菌丹、福尔马林、高脂膜、菌毒清等。