差异蛋白质的筛选和生信分析

客户背景

背景:某大学客户,从事科学研究。

需求:有两组样品,需要分析差异蛋白表达并进行生信分析。

样品名称

蛋白质磁珠

客户需求

客户表示共有两组样品(6个样),想分析差异蛋白表达并进行生信分析,工程师确认lable free蛋白质组学符合测试需求。

解决方案

1、分析样品测试条件。

2、进一步与客户确认磁珠处理条件为磁珠加入pbs后100℃加热10分钟,然后取上清进行后续实验。

3、样品非模式生物,工程师根据客户需求搜指定物种库,确认物种为Trypanosoma brucei brucei TREU927。

4、对磁珠样品进行筛选,然后对蛋白质进行酶切,除盐后进行RPLC-MS进行质谱检测

5、采用PEAKS软件进行数据库检索。

客户反馈

1、客户对数据较为满意,提出进行进一步筛选的要求,希望筛选出在t1,t2,t3都表达,在c1,c2,c3都不表达的蛋白,找出T组特异性的独有蛋白质。

2、实验室重新设置筛选条件,按照要求筛选出71个符合要求的蛋白,交付给客户。

3、客户对数据结果很满意。